PHP Deprecated: Comments starting with ‘#’ are deprecated in /etc/php5/cli/conf.d/mcrypt.ini on line 1 in Unknown on line 0

Sustituir el comentario inicializador "#" con ";" 

# Configuración para el módulo php MCrypt 
extension = mcrypt.so
 
; Configuración para el módulo php MCrypt
extension = mcrypt.so
 
Y listo!